Как пользовастья Skoal?

Испольуйте левую боковую панель (выделенную на рисунке оранжевой линией) для создания структуры молекулы. Например, чтобы нарисовать бензольное кольцо, выберите элемент на который указывает стрелка, и щелкните левой кнопкой мыши на месте, где бы вы хотели появился выбранный элемент.

Если вид нужного атома не присутсвует на панели, то вы можете задать его вручную, для этого нужно два раза щелкнуть мышью на той позиции, где этот элемент должен появиться в графе структуры. Появится диалоговое окно предлагающее ввести названия атома, его заряд, валентность и номер изотопа.

После того, как вы закончили редактирование структурной формулы запросной молекулы, вы можете осуществить поиск. Система Skoal позволяет находить среди известных такие химические соединения, которые имеют максимальное структурное подобие с заданной. В текущей версии предусмотрено два различных способа определения релевантности результатов к запросу. Первый способ учитывает размер общей подструктуры у заданной молекулы, определяемой мощностью наибольшего общего изоморфного подгафа. Второй способ основан на совпадение множества структурных инвариантов. Для этого используется метрика Танимото вычисленная между молекулярными фингерпринатами.

Выбрать один из способов определения релевантности можно используя элемент управления, выделенный на рисунке красным прямоугольником. Нажмите кнопку "Search" (В примере она отмеченна красной стрелкой.

В результатах вы увидите первые 20 релевантных веществ, их формулу, структуру, название и значение метрики, определяющей похожесть найденного вещества с заданным в редакторе фрагментом структуры

Различные запросы на поиск при одинаковых поисковых фрагментах могут возвращать отличающиеся результаты, что связано с тем, что поиск содержит рандомизированные алгоритмы, а представляются только первые 20 результатов.

Как пользоваться интерфейсом Skoal?